Maria Witkowska pochodziła z rodziny szlacheckiej. Urodziła się 19 stycznia 1866 r. w Wardomiczach (dzisiejsza Białoruś), w powiecie borysowskim, w guberni mińskiej, w parafii Chotajewicze, w archidiecezji mohylewskiej.

Dzieciństwo i pierwsze młode lata spędziła w Starym Siole pod Mińskiem. W domu rodzinnym, gdzie panowała atmosfera umiłowania polskich i katolickich tradycji, otrzymała staranne wychowanie i przygotowanie religijne. Pierwszą Komunię świętą przyjęła w kościele Wszystkich Świętych w Wilnie. W 1883 r. ks. bp Karol Hryniewiecki udzielił jej sakramentu bierzmowania w Kościele św. Jana w Wilnie. W tym czasie poważną rolę w jej duchowym rozwoju odegrał ks. Wincenty Kluczyński, późniejszy arcybiskup mohylewski.

W dwudziestym pierwszym roku życia, na wyraźne polecenie swego duchowego kierownika, bł. Honorata Koźmińskiego, kapucyna, zorganizowała pod jego kierunkiem w 1887 r. w Warszawie ukryte Zgromadzenie Sióstr Najświętszego Imienia Jezus pod opieką Najświętszej Maryi Panny Wspomożenia Wiernych. Opracowywała ustawy, kształtowała duchowość Zgromadzenia, wychowywała młode siostry i otwierała domy zakonne.

Organizowała apostolską działalność wśród rękodzielniczek, zmierzając do religijnego i moralnego odrodzenia tej grupy społecznej. Przybliżała im Jezusa i ukazywała wartość pracy, pełnionej w duchu ewangelicznym. Dla chorych, opuszczonych i starszych rękodzielniczek otworzyła w 1893 r. w Warszawie - Schronienie Ubogich Szwaczek. W to filantropijne dzieło kładła całe swoje serce. Chora na gruźlicę i wyczerpana do ostateczności kwestowała, prosząc możnych o wsparcie dla rękodzielniczek pozostających często bez środków do życia.

W marcu 1893 r. m. Franciszka Maria Witkowska złożyła śluby wieczyste. W tym samym roku, przynaglona prześladowaniem Kościoła w zaborze rosyjskim (w szóstą rocznicę powstania Zgromadzenia 10 grudnia) złożyła ofiarę z życia za wolność i rozwój Kościoła na całym świecie. Był to akt heroiczny i Bóg w krótkim czasie przyjął jej ofiarę. Pragnęła także, aby zaofiarowanie się całego Zgromadzenia za wolność i rozwój Kościoła było główną intencją przenikającą wszystko, dlatego każda siostra składa podobny akt przy ślubach wieczystych.

W 1894 r. udała się do Rzymu w celu złożenia dokumentacji i uzyskania od Stolicy Apostolskiej zatwierdzenia Zgromadzenia. Ciężka choroba płuc uniemożliwiła jej ustalone wcześniej spotkanie z Ojcem Świętym i załatwienie tej sprawy. Zdołała jedynie uzyskać pozwolenie na otwarcie pierwszej kaplicy w domu generalnym Zgromadzenia.

Matka Franciszka należała do tych dusz wybranych, które torują nowe drogi, odważnych i wytrwałych, zdecydowanych na wszystko i umiejących poświęcić wszystko dla Boga. W walce o świętość, która była jedynym celem jej życia oraz w służbie bliźnim czerpała światło i moc w wytrwałej modlitwie, a zwłaszcza w adoracji. Jej życie nie dzieliło się na modlitwę i pracę, ale było nieustanną modlitwą życia, jak to wyraziła słowami: Ja chce, aby życie moje było świętym szaleństwem krzyża... Ja pragnę należeć do Boga bez podziału, bezwarunkowo iść za Nim z wiarą i bez trwogi. Odznaczała się szczególnym kultem Najświętszego Sakramentu oraz wielką czcią Najświętszej Maryi Panny Wspomożycielki Wiernych, której wraz z siostrami oddała się w niewolę.

Żyła krótko, w ciągu zaledwie ośmiu lat kierowania Zgromadzeniem otworzyła osiem domów zakonnych wraz z pracowniami na terenie Królestwa Polskiego i Cesarstwa Rosyjskiego. W momencie jej śmierci żyło i pracowało w nich około 100 sióstr. Swoim życiem dała wspaniały wzór miłości Boga i bliźniego, wzór heroicznego zawierzenia się Jezusowi Chrystusowi, gorliwości o chwałę Bożą, wzór posłuszeństwa i pokory, a także świetlany przykład ukrytego życia zakonnego.

Zmarła w opinii świętości 26 października 1895 r. w Otwocku. Pochowana jest na Powązkach w Warszawie. Po jej śmierci mówiono, że był to płomień miłości i żarliwości o chwałę Bożą, który zgasł jak lampka wyniszczona dla miłości Boga utajonego w Najświętszym Sakramencie. Dnia 12 października 1996 r. rozpoczął się proces beatyfikacyjny na szczeblu diecezjalnym i zakończył się 6 września 2001 r. Obecnie proces toczy się w Kongregacji do Spraw Świętych.

Wszechmogący i nieskończenie dobry Boże, który wezwałeś Matkę Marię Franciszkę do służby swojej w Zgromadzeniu Sióstr Imienia Jezus, uczyniłeś ją wielką czcicielką Najświętszego Sakramentu i przyjąłeś jej ofiarę z życia za wolność i podwyższenie świętej Matki Kościoła, racz za jej wstawiennictwem udzielić mi łaski ..., o którą Cię błagam z miłością i pokorą. Nagródź wierność i gorliwość służebnicy Twojej wysłuchując próśb, które za jej przyczyną do Ciebie zanoszę. Przez Chrystusa, Pana naszego. Amen.